Pro institut „Prominutí DPH“ byl vytvořen speciální typ dokladu resp. řádku dokladu. V případně, že je splněna podmínka pro prominutí daně, je umožněno doklad či příslušné řádky dokladu označit typem „D0“. Tyto doklady či řádky dokladů neobsahují výši DPH a vstupují na řádek 26 daňového přiznání. Tento typ lze vybrat při zadávání vydané faktury a dle potřeby i u účetního dokladu.
V případě vyúčtování za energie, kdy dochází k natažení zúčtovacích dokladů, které se týkají přijatých záloh, musí obsluha rozdělit plnění na část, která podléhá DPH a část, kde je DPH prominuto a to z důvodu správného spárování záloh, jelikož při vyúčtování jsou napárovány zálohy s DPH i s prominutým DPH.
