Mohu si někde zkontrolovat, zda mám v Zakázkách přeneseny všechny materiálové náklady?

Ano. Toto je možné provést v menu Aktualizace\Převod zakázek. Do pole Převod ze zakázky uživatel zadá číslo zakázky, kterou chce přenést, a do pole na zakázku číslo zakázky, do níž se má první jmenovaná přenést. Zakázky se takto sloučí pod druhým uvedeným číslem zakázky.