Lze nějak automaticky zapsat platbu k faktuře, která byla zadána do systému až po zpracování bankovního výpisu, na kterém byla platba zpracována?

Ano. V tomto případě může uživatel využít nabídku Pořizování / Likvidace bankovních výpisů / Druhá automatická. Nabídka slouží právě k dodatečnému potvrzení plateb vydaných a přijatých faktur, které nebyly při likvidaci výpisů zapsány v knize faktur (např. dosud nepřenesená data z poboček).