Lze automaticky spárovat platbu s přijatou fakturu, na které je uveden jiný bankovní účet než ve výpisu?

Ano lze. Tuto funkčnost lze zapnout parametrem v nastavení modulu Bankovní operace - Dohledání přijatých faktur podle účtů v ČOP. Pokud tento parametr je zatržený, tak pří provedení automatické likvidaci zkusmo bude dohledán variabilní symbol přijaté faktury a i když číslo účtu na výpisu se nebude shodovat s účtem na faktuře, ale číslo účtu bude dohledáno v číselníku obchodních partnerů na záložce účty, bude faktura spárována.